Mercurial > ift6266

annotate transformations/pipeline.py @ 49:8ce089f30463

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author fsavard
date Thu, 04 Feb 2010 13:40:44 -0500
parents fabf910467b2
children ff59670cd1f9
rev   line source
41
fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
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1 #!/usr/bin/python
fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
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2 # coding: utf-8
fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
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faacc76d21c2 Basic new pipeline script for the images tranforms
Arnaud Bergeron <abergeron@gmail.com>
parents:
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4 from __future__ import with_statement
faacc76d21c2 Basic new pipeline script for the images tranforms
Arnaud Bergeron <abergeron@gmail.com>
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fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
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6 # This is intended to be run as a GIMP script
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
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7 from gimpfu import *
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
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fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
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9 import sys, os, getopt
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faacc76d21c2 Basic new pipeline script for the images tranforms
Arnaud Bergeron <abergeron@gmail.com>
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10 import numpy
faacc76d21c2 Basic new pipeline script for the images tranforms
Arnaud Bergeron <abergeron@gmail.com>
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11 import filetensor as ft
faacc76d21c2 Basic new pipeline script for the images tranforms
Arnaud Bergeron <abergeron@gmail.com>
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12 import random
faacc76d21c2 Basic new pipeline script for the images tranforms
Arnaud Bergeron <abergeron@gmail.com>
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fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
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14 # To debug locally, also call with -s 1 (to stop after 1 batch ~= 100)
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
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15 # (otherwise we allocate all needed memory, might be loonnng and/or crash
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
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16 # if, lucky like me, you have an age-old laptop creaking from everywhere)
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17 DEBUG = True
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18 DEBUG_X = False # Debug under X (pylab.show())
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faacc76d21c2 Basic new pipeline script for the images tranforms
Arnaud Bergeron <abergeron@gmail.com>
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fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
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20 DEBUG_IMAGES_PATH = None
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21 if DEBUG:
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22 # UNTESTED YET
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23 # To avoid loading NIST if you don't have it handy
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24 # (use with debug_images_iterator(), see main())
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25 # To use NIST, leave as = None
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
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26 DEBUG_IMAGES_PATH = None#'/home/francois/Desktop/debug_images'
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28 # Directory where to dump images to visualize results
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29 # (create it, otherwise it'll crash)
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30 DEBUG_OUTPUT_DIR = 'debug_out'
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32 BATCH_SIZE = 100
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33 DEFAULT_NIST_PATH = '/data/lisa/data/nist/by_class/all/all_train_data.ft'
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34 ARGS_FILE = os.environ['PIPELINE_ARGS_TMPFILE']
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36 if DEBUG_X:
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37 import pylab
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38 pylab.ion()
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faacc76d21c2 Basic new pipeline script for the images tranforms
Arnaud Bergeron <abergeron@gmail.com>
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40 #from add_background_image import AddBackground
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41 #from affine_transform import AffineTransformation
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42 from PoivreSel import PoivreSel
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43 from thick import Thick
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44 #from BruitGauss import BruitGauss
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45 #from gimp_script import GIMPTransformation
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46 #from Rature import Rature
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47 from contrast import Contrast
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48 from local_elastic_distortions import LocalElasticDistorter
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49 from slant import Slant
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51 if DEBUG:
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52 from visualizer import Visualizer
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53 # Either put the visualizer as in the MODULES_INSTANCES list
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54 # after each module you want to visualize, or in the
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55 # AFTER_EACH_MODULE_HOOK list (but not both, it's redundant)
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56 VISUALIZER = Visualizer(to_dir=DEBUG_OUTPUT_DIR, on_screen=False)
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58 MODULE_INSTANCES = [Thick(), LocalElasticDistorter(), PoivreSel(), Contrast()]
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60 # These should have a "after_transform_callback(self, image)" method
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61 # (called after each call to transform_image in a module)
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62 AFTER_EACH_MODULE_HOOK = []
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63 if DEBUG:
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64 AFTER_EACH_MODULE_HOOK = [VISUALIZER]
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66 # These should have a "end_transform_callback(self, final_image" method
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
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67 # (called after all modules have been called)
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
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diff changeset
68 END_TRANSFORM_HOOK = []
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
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diff changeset
69 if DEBUG:
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
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70 END_TRANSFORM_HOOK = [VISUALIZER]
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72 class Pipeline():
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73 def __init__(self, modules, num_batches, batch_size, image_size=(32,32)):
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74 self.modules = modules
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75 self.num_batches = num_batches
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76 self.batch_size = batch_size
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77 self.num_params_stored = 0
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78 self.image_size = image_size
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80 self.init_memory()
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82 def init_num_params_stored(self):
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83 # just a dummy call to regenerate_parameters() to get the
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84 # real number of params (only those which are stored)
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85 self.num_params_stored = 0
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86 for m in self.modules:
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87 self.num_params_stored += len(m.regenerate_parameters(0.0))
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89 def init_memory(self):
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90 self.init_num_params_stored()
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Arnaud Bergeron <abergeron@gmail.com>
parents:
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diff changeset
92 total = (self.num_batches + 1) * self.batch_size
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parents: 15
diff changeset
93 num_px = self.image_size[0] * self.image_size[1]
fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
fsavard
parents: 15
diff changeset
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fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
fsavard
parents: 15
diff changeset
95 self.res_data = numpy.empty((total, num_px))
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fsavard
parents: 15
diff changeset
96 self.params = numpy.empty((total, self.num_params_stored))
fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
fsavard
parents: 15
diff changeset
97
fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
fsavard
parents: 15
diff changeset
98 def run(self, batch_iterator, complexity_iterator):
fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
fsavard
parents: 15
diff changeset
99 img_size = self.image_size
fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
fsavard
parents: 15
diff changeset
100
48
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
fsavard
parents: 41
diff changeset
101 should_hook_after_each = len(AFTER_EACH_MODULE_HOOK) != 0
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
fsavard
parents: 41
diff changeset
102 should_hook_at_the_end = len(END_TRANSFORM_HOOK) != 0
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
fsavard
parents: 41
diff changeset
103
41
fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
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104 for batch_no, batch in enumerate(batch_iterator):
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fsavard
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diff changeset
105 complexity = complexity_iterator.next()
48
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
fsavard
parents: 41
diff changeset
106 if DEBUG:
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
fsavard
parents: 41
diff changeset
107 print "Complexity:", complexity
41
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108
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109 assert len(batch) == self.batch_size
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110
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111 for img_no, img in enumerate(batch):
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fsavard
parents: 15
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112 sys.stdout.flush()
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fsavard
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113 global_idx = batch_no*self.batch_size + img_no
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fsavard
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114
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115 img = img.reshape(img_size)
15
f6b6c74bb82f Fix the datatypes.
Arnaud Bergeron <abergeron@gmail.com>
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116
41
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117 param_idx = 0
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diff changeset
118 for mod in self.modules:
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fsavard
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diff changeset
119 # This used to be done _per batch_,
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fsavard
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diff changeset
120 # ie. out of the "for img" loop
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fsavard
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diff changeset
121 p = mod.regenerate_parameters(complexity)
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fsavard
parents: 15
diff changeset
122 self.params[global_idx, param_idx:param_idx+len(p)] = p
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fsavard
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diff changeset
123 param_idx += len(p)
10
faacc76d21c2 Basic new pipeline script for the images tranforms
Arnaud Bergeron <abergeron@gmail.com>
parents:
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41
fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
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parents: 15
diff changeset
125 img = mod.transform_image(img)
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fsavard
parents: 15
diff changeset
126
48
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
fsavard
parents: 41
diff changeset
127 if should_hook_after_each:
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
fsavard
parents: 41
diff changeset
128 for hook in AFTER_EACH_MODULE_HOOK:
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
fsavard
parents: 41
diff changeset
129 hook.after_transform_callback(img)
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
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parents: 41
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130
41
fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
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131 self.res_data[global_idx] = \
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diff changeset
132 img.reshape((img_size[0] * img_size[1],))*255
10
faacc76d21c2 Basic new pipeline script for the images tranforms
Arnaud Bergeron <abergeron@gmail.com>
parents:
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133
48
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
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parents: 41
diff changeset
134
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
fsavard
parents: 41
diff changeset
135 if should_hook_at_the_end:
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
fsavard
parents: 41
diff changeset
136 for hook in END_TRANSFORM_HOOK:
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
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parents: 41
diff changeset
137 hook.end_transform_callback(img)
41
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138
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diff changeset
139 def write_output(self, output_file_path, params_output_file_path):
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fsavard
parents: 15
diff changeset
140 with open(output_file_path, 'wb') as f:
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fsavard
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diff changeset
141 ft.write(f, self.res_data)
10
faacc76d21c2 Basic new pipeline script for the images tranforms
Arnaud Bergeron <abergeron@gmail.com>
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142
41
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parents: 15
diff changeset
143 numpy.save(params_output_file_path, self.params)
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fsavard
parents: 15
diff changeset
144
fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
fsavard
parents: 15
diff changeset
145
fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
fsavard
parents: 15
diff changeset
146 ##############################################################################
fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
fsavard
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diff changeset
147 # COMPLEXITY ITERATORS
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fsavard
parents: 15
diff changeset
148 # They're called once every batch, to get the complexity to use for that batch
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fsavard
parents: 15
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149 # they must be infinite (should never throw StopIteration when calling next())
10
faacc76d21c2 Basic new pipeline script for the images tranforms
Arnaud Bergeron <abergeron@gmail.com>
parents:
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parents: 15
diff changeset
151 # probability of generating 0 complexity, otherwise
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fsavard
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diff changeset
152 # uniform over 0.0-max_complexity
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fsavard
parents: 15
diff changeset
153 def range_complexity_iterator(probability_zero, max_complexity):
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fsavard
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diff changeset
154 assert max_complexity <= 1.0
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diff changeset
155 n = numpy.random.uniform(0.0, 1.0)
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fsavard
parents: 15
diff changeset
156 while True:
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fsavard
parents: 15
diff changeset
157 if n < probability_zero:
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fsavard
parents: 15
diff changeset
158 yield 0.0
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fsavard
parents: 15
diff changeset
159 else:
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fsavard
parents: 15
diff changeset
160 yield numpy.random.uniform(0.0, max_complexity)
fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
fsavard
parents: 15
diff changeset
161
fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
fsavard
parents: 15
diff changeset
162 ##############################################################################
fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
fsavard
parents: 15
diff changeset
163 # DATA ITERATORS
fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
fsavard
parents: 15
diff changeset
164 # They can be used to interleave different data sources etc.
fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
fsavard
parents: 15
diff changeset
165
48
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
fsavard
parents: 41
diff changeset
166 '''
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
fsavard
parents: 41
diff changeset
167 # Following code (DebugImages and iterator) is untested
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
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diff changeset
168
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
fsavard
parents: 41
diff changeset
169 def load_image(filepath):
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
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parents: 41
diff changeset
170 _RGB_TO_GRAYSCALE = [0.3, 0.59, 0.11, 0.0]
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
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parents: 41
diff changeset
171 img = Image.open(filepath)
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
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parents: 41
diff changeset
172 img = numpy.asarray(img)
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
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diff changeset
173 if len(img.shape) > 2:
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
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parents: 41
diff changeset
174 img = (img * _RGB_TO_GRAYSCALE).sum(axis=2)
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
fsavard
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diff changeset
175 return (img / 255.0).astype('float')
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
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diff changeset
176
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
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diff changeset
177 class DebugImages():
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
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178 def __init__(self, images_dir_path):
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
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diff changeset
179 import glob, os.path
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
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diff changeset
180 self.filelist = glob.glob(os.path.join(images_dir_path, "*.png"))
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
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diff changeset
181
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
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parents: 41
diff changeset
182 def debug_images_iterator(debug_images):
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
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parents: 41
diff changeset
183 for path in debug_images.filelist:
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
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parents: 41
diff changeset
184 yield load_image(path)
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
fsavard
parents: 41
diff changeset
185 '''
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
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parents: 41
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186
41
fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
fsavard
parents: 15
diff changeset
187 class NistData():
fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
fsavard
parents: 15
diff changeset
188 def __init__(self, ):
fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
fsavard
parents: 15
diff changeset
189 nist_path = DEFAULT_NIST_PATH
fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
fsavard
parents: 15
diff changeset
190 self.train_data = open(nist_path, 'rb')
fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
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parents: 15
diff changeset
191 self.dim = tuple(ft._read_header(self.train_data)[3])
10
faacc76d21c2 Basic new pipeline script for the images tranforms
Arnaud Bergeron <abergeron@gmail.com>
parents:
diff changeset
192
41
fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
fsavard
parents: 15
diff changeset
193 def just_nist_iterator(nist, batch_size, stop_after=None):
fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
fsavard
parents: 15
diff changeset
194 for i in xrange(0, nist.dim[0], batch_size):
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fsavard
parents: 15
diff changeset
195 nist.train_data.seek(0)
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fsavard
parents: 15
diff changeset
196 yield ft.read(nist.train_data, slice(i, i+batch_size)).astype(numpy.float32)/255
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fsavard
parents: 15
diff changeset
197
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fsavard
parents: 15
diff changeset
198 if not stop_after is None and i >= stop_after:
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fsavard
parents: 15
diff changeset
199 break
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fsavard
parents: 15
diff changeset
200
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fsavard
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diff changeset
201 ##############################################################################
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fsavard
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diff changeset
202 # MAIN
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fsavard
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diff changeset
203
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fsavard
parents: 15
diff changeset
204 def usage():
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diff changeset
205 print '''
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diff changeset
206 Usage: run_pipeline.sh [-m ...] [-z ...] [-o ...] [-p ...]
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parents: 15
diff changeset
207 -m, --max-complexity: max complexity to generate for a batch
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diff changeset
208 -z, --probability-zero: probability of using complexity=0 for a batch
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diff changeset
209 -o, --output-file: full path to file to use for output of images
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diff changeset
210 -p, --params-output-file: path to file to output params to
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fsavard
parents: 15
diff changeset
211 '''
fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
fsavard
parents: 15
diff changeset
212
fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
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parents: 15
diff changeset
213 # See run_pipeline.py
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214 def get_argv():
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diff changeset
215 with open(ARGS_FILE) as f:
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diff changeset
216 args = [l.rstrip() for l in f.readlines()]
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parents: 15
diff changeset
217 return args
10
faacc76d21c2 Basic new pipeline script for the images tranforms
Arnaud Bergeron <abergeron@gmail.com>
parents:
diff changeset
218
41
fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
fsavard
parents: 15
diff changeset
219 # Might be called locally or through dbidispatch. In all cases it should be
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fsavard
parents: 15
diff changeset
220 # passed to the GIMP executable to be able to use GIMP filters.
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fsavard
parents: 15
diff changeset
221 # Ex:
48
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
fsavard
parents: 41
diff changeset
222 def _main():
41
fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
fsavard
parents: 15
diff changeset
223 max_complexity = 0.5 # default
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fsavard
parents: 15
diff changeset
224 probability_zero = 0.1 # default
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fsavard
parents: 15
diff changeset
225 output_file_path = None
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fsavard
parents: 15
diff changeset
226 params_output_file_path = None
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fsavard
parents: 15
diff changeset
227 stop_after = None
10
faacc76d21c2 Basic new pipeline script for the images tranforms
Arnaud Bergeron <abergeron@gmail.com>
parents:
diff changeset
228
48
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
fsavard
parents: 41
diff changeset
229 import sys
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
fsavard
parents: 41
diff changeset
230 print "python version: ", sys.version
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
fsavard
parents: 41
diff changeset
231
41
fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
fsavard
parents: 15
diff changeset
232 try:
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fsavard
parents: 15
diff changeset
233 opts, args = getopt.getopt(get_argv(), "m:z:o:p:s:", ["max-complexity=", "probability-zero=", "output-file=", "params-output-file=", "stop-after="])
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fsavard
parents: 15
diff changeset
234 except getopt.GetoptError, err:
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fsavard
parents: 15
diff changeset
235 # print help information and exit:
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fsavard
parents: 15
diff changeset
236 print str(err) # will print something like "option -a not recognized"
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fsavard
parents: 15
diff changeset
237 usage()
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diff changeset
238 sys.exit(2)
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fsavard
parents: 15
diff changeset
239 output = None
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parents: 15
diff changeset
240 verbose = False
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diff changeset
241 for o, a in opts:
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fsavard
parents: 15
diff changeset
242 if o in ('-m', '--max-complexity'):
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diff changeset
243 max_complexity = float(a)
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diff changeset
244 assert max_complexity >= 0.0 and max_complexity <= 1.0
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diff changeset
245 elif o in ("-z", "--probability-zero"):
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parents: 15
diff changeset
246 probability_zero = float(a)
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diff changeset
247 assert probability_zero >= 0.0 and probability_zero <= 1.0
fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
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parents: 15
diff changeset
248 elif o in ("-o", "--output-file"):
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diff changeset
249 output_file_path = a
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fsavard
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diff changeset
250 elif o in ('-p', "--params-output-file"):
fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
fsavard
parents: 15
diff changeset
251 params_output_file_path = a
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fsavard
parents: 15
diff changeset
252 elif o in ('-s', "--stop-after"):
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fsavard
parents: 15
diff changeset
253 stop_after = int(a)
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fsavard
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diff changeset
254 else:
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fsavard
parents: 15
diff changeset
255 assert False, "unhandled option"
10
faacc76d21c2 Basic new pipeline script for the images tranforms
Arnaud Bergeron <abergeron@gmail.com>
parents:
diff changeset
256
41
fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
fsavard
parents: 15
diff changeset
257 if output_file_path == None or params_output_file_path == None:
fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
fsavard
parents: 15
diff changeset
258 print "Must specify both output files."
fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
fsavard
parents: 15
diff changeset
259 print
fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
fsavard
parents: 15
diff changeset
260 usage()
fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
fsavard
parents: 15
diff changeset
261 sys.exit(2)
fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
fsavard
parents: 15
diff changeset
262
48
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
fsavard
parents: 41
diff changeset
263 if DEBUG_IMAGES_PATH:
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
fsavard
parents: 41
diff changeset
264 '''
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
fsavard
parents: 41
diff changeset
265 # This code is yet untested
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
fsavard
parents: 41
diff changeset
266 debug_images = DebugImages(DEBUG_IMAGES_PATH)
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
fsavard
parents: 41
diff changeset
267 num_batches = 1
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
fsavard
parents: 41
diff changeset
268 batch_size = len(debug_images.filelist)
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
fsavard
parents: 41
diff changeset
269 pl = Pipeline(modules=MODULE_INSTANCES, num_batches=num_batches, batch_size=BATCH_SIZE, image_size=(32,32))
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
fsavard
parents: 41
diff changeset
270 batch_it = debug_images_iterator(debug_images)
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
fsavard
parents: 41
diff changeset
271 '''
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
fsavard
parents: 41
diff changeset
272 else:
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
fsavard
parents: 41
diff changeset
273 nist = NistData()
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
fsavard
parents: 41
diff changeset
274 num_batches = nist.dim[0]/BATCH_SIZE
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
fsavard
parents: 41
diff changeset
275 if stop_after:
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
fsavard
parents: 41
diff changeset
276 num_batches = stop_after
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
fsavard
parents: 41
diff changeset
277 pl = Pipeline(modules=MODULE_INSTANCES, num_batches=num_batches, batch_size=BATCH_SIZE, image_size=(32,32))
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
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parents: 41
diff changeset
278 batch_it = just_nist_iterator(nist, BATCH_SIZE, stop_after)
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
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parents: 41
diff changeset
279
41
fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
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parents: 15
diff changeset
280 cpx_it = range_complexity_iterator(probability_zero, max_complexity)
fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
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parents: 15
diff changeset
281 pl.run(batch_it, cpx_it)
fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
fsavard
parents: 15
diff changeset
282 pl.write_output(output_file_path, params_output_file_path)
fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
fsavard
parents: 15
diff changeset
283
48
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
fsavard
parents: 41
diff changeset
284 _main()
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
fsavard
parents: 41
diff changeset
285
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
fsavard
parents: 41
diff changeset
286 if DEBUG_X:
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
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parents: 41
diff changeset
287 pylab.ioff()
fabf910467b2 Ajouté des hooks pour visualisation à différentes étapes. On peut dumper la grille d'images pour chaque image transformée ou visualiser live avec pylab.imshow() (pas encore essayé cette façon... j'ai un problème avec GIMP+python sur mon laptop).
fsavard
parents: 41
diff changeset
288 pylab.show()
41
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parents: 15
diff changeset
289
fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
fsavard
parents: 15
diff changeset
290 pdb.gimp_quit(0)
fdb0e0870fb4 Beaucoup de modifications à pipeline.py pour généraliser et un début de visualisation, et créé un wrapper (run_pipeline.py) pour appeler avec GIMP.
fsavard
parents: 15
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291