annotate deep/stacked_dae/v_sylvain/nist_sda_retrieve.py @ 349:22efb4968054

added pnist support, will check in code for data set iterator later
author xaviermuller
date Mon, 19 Apr 2010 10:12:17 -0400
parents c61b72d07676
children 5c3935aa3f8a
rev   line source
287
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
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diff changeset
1 #!/usr/bin/python
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
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2 # coding: utf-8
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
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3
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
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4 import ift6266
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5 import pylearn
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6
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7 import numpy
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8 import theano
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9 import time
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10
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11 import pylearn.version
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12 import theano.tensor as T
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13 from theano.tensor.shared_randomstreams import RandomStreams
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14
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15 import copy
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16 import sys
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17 import os
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18 import os.path
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19
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20 from jobman import DD
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21 import jobman, jobman.sql
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22 from pylearn.io import filetensor
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23
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diff changeset
24 from utils import produit_cartesien_jobs
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diff changeset
25 from copy import copy
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26
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parents:
diff changeset
27 from sgd_optimization import SdaSgdOptimizer
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diff changeset
28
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parents:
diff changeset
29 #from ift6266.utils.scalar_series import *
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parents:
diff changeset
30 from ift6266.utils.seriestables import *
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
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parents:
diff changeset
31 import tables
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parents:
diff changeset
32
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
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parents:
diff changeset
33 from ift6266 import datasets
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parents:
diff changeset
34 from config2 import *
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parents:
diff changeset
35
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parents:
diff changeset
36 '''
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
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parents:
diff changeset
37 Function called by jobman upon launching each job
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parents:
diff changeset
38 Its path is the one given when inserting jobs: see EXPERIMENT_PATH
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parents:
diff changeset
39 '''
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
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parents:
diff changeset
40 def jobman_entrypoint(state, channel):
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parents:
diff changeset
41 # record mercurial versions of each package
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diff changeset
42 pylearn.version.record_versions(state,[theano,ift6266,pylearn])
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parents:
diff changeset
43 # TODO: remove this, bad for number of simultaneous requests on DB
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parents:
diff changeset
44 channel.save()
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diff changeset
45
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parents:
diff changeset
46 # For test runs, we don't want to use the whole dataset so
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parents:
diff changeset
47 # reduce it to fewer elements if asked to.
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parents:
diff changeset
48 rtt = None
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parents:
diff changeset
49 if state.has_key('reduce_train_to'):
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parents:
diff changeset
50 rtt = state['reduce_train_to']
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parents:
diff changeset
51 elif REDUCE_TRAIN_TO:
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parents:
diff changeset
52 rtt = REDUCE_TRAIN_TO
328
c61b72d07676 Rajout de la capacite de faire decroitre le taux d'apprentissage si demande
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents: 320
diff changeset
53
c61b72d07676 Rajout de la capacite de faire decroitre le taux d'apprentissage si demande
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents: 320
diff changeset
54 if state.has_key('decrease_lr'):
c61b72d07676 Rajout de la capacite de faire decroitre le taux d'apprentissage si demande
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents: 320
diff changeset
55 decrease_lr = state['decrease_lr']
c61b72d07676 Rajout de la capacite de faire decroitre le taux d'apprentissage si demande
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents: 320
diff changeset
56 else :
c61b72d07676 Rajout de la capacite de faire decroitre le taux d'apprentissage si demande
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents: 320
diff changeset
57 decrease_lr = 0
287
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
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parents:
diff changeset
58
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
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parents:
diff changeset
59 n_ins = 32*32
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parents:
diff changeset
60 n_outs = 62 # 10 digits, 26*2 (lower, capitals)
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
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parents:
diff changeset
61
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
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parents:
diff changeset
62 examples_per_epoch = NIST_ALL_TRAIN_SIZE
317
067e747fd9c0 Ajout de noms differents pour les series produites pour differents choix de pretrain
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents: 316
diff changeset
63 #To be sure variables will not be only in the if statement
067e747fd9c0 Ajout de noms differents pour les series produites pour differents choix de pretrain
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents: 316
diff changeset
64 PATH = ''
067e747fd9c0 Ajout de noms differents pour les series produites pour differents choix de pretrain
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents: 316
diff changeset
65 nom_reptrain = ''
067e747fd9c0 Ajout de noms differents pour les series produites pour differents choix de pretrain
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents: 316
diff changeset
66 nom_serie = ""
067e747fd9c0 Ajout de noms differents pour les series produites pour differents choix de pretrain
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents: 316
diff changeset
67 if state['pretrain_choice'] == 0:
067e747fd9c0 Ajout de noms differents pour les series produites pour differents choix de pretrain
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents: 316
diff changeset
68 PATH=PATH_NIST
067e747fd9c0 Ajout de noms differents pour les series produites pour differents choix de pretrain
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents: 316
diff changeset
69 nom_pretrain='NIST'
067e747fd9c0 Ajout de noms differents pour les series produites pour differents choix de pretrain
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents: 316
diff changeset
70 nom_serie="series_NIST.h5"
067e747fd9c0 Ajout de noms differents pour les series produites pour differents choix de pretrain
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents: 316
diff changeset
71 elif state['pretrain_choice'] == 1:
067e747fd9c0 Ajout de noms differents pour les series produites pour differents choix de pretrain
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents: 316
diff changeset
72 PATH=PATH_P07
067e747fd9c0 Ajout de noms differents pour les series produites pour differents choix de pretrain
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents: 316
diff changeset
73 nom_pretrain='P07'
067e747fd9c0 Ajout de noms differents pour les series produites pour differents choix de pretrain
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents: 316
diff changeset
74 nom_serie="series_P07.h5"
287
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
75
317
067e747fd9c0 Ajout de noms differents pour les series produites pour differents choix de pretrain
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents: 316
diff changeset
76 series = create_series(state.num_hidden_layers,nom_serie)
287
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
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parents:
diff changeset
77
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
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parents:
diff changeset
78 print "Creating optimizer with state, ", state
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parents:
diff changeset
79
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
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parents:
diff changeset
80 optimizer = SdaSgdOptimizer(dataset=datasets.nist_all(),
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parents:
diff changeset
81 hyperparameters=state, \
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parents:
diff changeset
82 n_ins=n_ins, n_outs=n_outs,\
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
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parents:
diff changeset
83 examples_per_epoch=examples_per_epoch, \
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
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parents:
diff changeset
84 series=series,
316
60e82846a10d Correct a little bug about maximum number of minibatches
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parents: 313
diff changeset
85 max_minibatches=rtt)
287
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
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parents:
diff changeset
86
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
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parents:
diff changeset
87 parameters=[]
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
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parents:
diff changeset
88 #Number of files of P07 used for pretraining
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
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parents:
diff changeset
89 nb_file=0
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
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parents:
diff changeset
90 ## if state['pretrain_choice'] == 0:
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
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parents:
diff changeset
91 ## print('\n\tpretraining with NIST\n')
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
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parents:
diff changeset
92 ## optimizer.pretrain(datasets.nist_all())
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
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parents:
diff changeset
93 ## elif state['pretrain_choice'] == 1:
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
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parents:
diff changeset
94 ## #To know how many file will be used during pretraining
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
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parents:
diff changeset
95 ## nb_file = state['pretraining_epochs_per_layer']
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
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parents:
diff changeset
96 ## state['pretraining_epochs_per_layer'] = 1 #Only 1 time over the dataset
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
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parents:
diff changeset
97 ## if nb_file >=100:
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
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parents:
diff changeset
98 ## sys.exit("The code does not support this much pretraining epoch (99 max with P07).\n"+
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
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parents:
diff changeset
99 ## "You have to correct the code (and be patient, P07 is huge !!)\n"+
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
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parents:
diff changeset
100 ## "or reduce the number of pretraining epoch to run the code (better idea).\n")
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
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parents:
diff changeset
101 ## print('\n\tpretraining with P07')
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
102 ## optimizer.pretrain(datasets.nist_P07(min_file=0,max_file=nb_file))
308
a76bae0f2388 Ajout d'une ligne d'impression importante
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parents: 306
diff changeset
103
a76bae0f2388 Ajout d'une ligne d'impression importante
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parents: 306
diff changeset
104 print ('Retrieve pre-train done earlier ( '+nom_pretrain+' )')
a76bae0f2388 Ajout d'une ligne d'impression importante
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents: 306
diff changeset
105
a76bae0f2388 Ajout d'une ligne d'impression importante
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents: 306
diff changeset
106
287
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
107
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
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parents:
diff changeset
108 sys.stdout.flush()
306
a78dbbc61f37 Meilleure souplesse d'execution, un parametre hard-coade est maintenant plus propre
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents: 287
diff changeset
109 channel.save()
287
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
110
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
111 #Set some of the parameters used for the finetuning
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
112 if state.has_key('finetune_set'):
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
113 finetune_choice=state['finetune_set']
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
114 else:
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
115 finetune_choice=FINETUNE_SET
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
116
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
117 if state.has_key('max_finetuning_epochs'):
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
118 max_finetune_epoch_NIST=state['max_finetuning_epochs']
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
119 else:
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
120 max_finetune_epoch_NIST=MAX_FINETUNING_EPOCHS
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
121
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
122 if state.has_key('max_finetuning_epochs_P07'):
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
123 max_finetune_epoch_P07=state['max_finetuning_epochs_P07']
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
124 else:
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
125 max_finetune_epoch_P07=max_finetune_epoch_NIST
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
126
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
127 #Decide how the finetune is done
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
128
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
129 if finetune_choice == 0:
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
130 print('\n\n\tfinetune with NIST\n\n')
306
a78dbbc61f37 Meilleure souplesse d'execution, un parametre hard-coade est maintenant plus propre
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents: 287
diff changeset
131 optimizer.reload_parameters(PATH+'params_pretrain.txt')
328
c61b72d07676 Rajout de la capacite de faire decroitre le taux d'apprentissage si demande
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents: 320
diff changeset
132 optimizer.finetune(datasets.nist_all(),datasets.nist_P07(),max_finetune_epoch_NIST,ind_test=1,decrease=decrease_lr)
287
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
133 channel.save()
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
134 if finetune_choice == 1:
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
135 print('\n\n\tfinetune with P07\n\n')
306
a78dbbc61f37 Meilleure souplesse d'execution, un parametre hard-coade est maintenant plus propre
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents: 287
diff changeset
136 optimizer.reload_parameters(PATH+'params_pretrain.txt')
328
c61b72d07676 Rajout de la capacite de faire decroitre le taux d'apprentissage si demande
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents: 320
diff changeset
137 optimizer.finetune(datasets.nist_P07(),datasets.nist_all(),max_finetune_epoch_P07,ind_test=0,decrease=decrease_lr)
287
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
138 channel.save()
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
139 if finetune_choice == 2:
320
71ffe2c9bfad finetune NIST+P07 change pour P07+NIST, les experiences n'ont pas ete concluentes
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents: 317
diff changeset
140 print('\n\n\tfinetune with P07 followed by NIST\n\n')
306
a78dbbc61f37 Meilleure souplesse d'execution, un parametre hard-coade est maintenant plus propre
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents: 287
diff changeset
141 optimizer.reload_parameters(PATH+'params_pretrain.txt')
328
c61b72d07676 Rajout de la capacite de faire decroitre le taux d'apprentissage si demande
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents: 320
diff changeset
142 optimizer.finetune(datasets.nist_P07(),datasets.nist_all(),max_finetune_epoch_P07,ind_test=20,decrease=decrease_lr)
c61b72d07676 Rajout de la capacite de faire decroitre le taux d'apprentissage si demande
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents: 320
diff changeset
143 optimizer.finetune(datasets.nist_all(),datasets.nist_P07(),max_finetune_epoch_NIST,ind_test=21,decrease=decrease_lr)
287
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
144 channel.save()
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
145 if finetune_choice == 3:
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
146 print('\n\n\tfinetune with NIST only on the logistic regression on top (but validation on P07).\n\
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
147 All hidden units output are input of the logistic regression\n\n')
306
a78dbbc61f37 Meilleure souplesse d'execution, un parametre hard-coade est maintenant plus propre
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents: 287
diff changeset
148 optimizer.reload_parameters(PATH+'params_pretrain.txt')
328
c61b72d07676 Rajout de la capacite de faire decroitre le taux d'apprentissage si demande
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents: 320
diff changeset
149 optimizer.finetune(datasets.nist_all(),datasets.nist_P07(),max_finetune_epoch_NIST,ind_test=1,special=1,decrease=decrease_lr)
287
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
150
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
151
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
152 if finetune_choice==-1:
328
c61b72d07676 Rajout de la capacite de faire decroitre le taux d'apprentissage si demande
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents: 320
diff changeset
153 print('\nSERIE OF 4 DIFFERENT FINETUNINGS')
287
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
154 print('\n\n\tfinetune with NIST\n\n')
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
155 sys.stdout.flush()
306
a78dbbc61f37 Meilleure souplesse d'execution, un parametre hard-coade est maintenant plus propre
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents: 287
diff changeset
156 optimizer.reload_parameters(PATH+'params_pretrain.txt')
328
c61b72d07676 Rajout de la capacite de faire decroitre le taux d'apprentissage si demande
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents: 320
diff changeset
157 optimizer.finetune(datasets.nist_all(),datasets.nist_P07(),max_finetune_epoch_NIST,ind_test=1,decrease=decrease_lr)
287
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
158 channel.save()
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
159 print('\n\n\tfinetune with P07\n\n')
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
160 sys.stdout.flush()
306
a78dbbc61f37 Meilleure souplesse d'execution, un parametre hard-coade est maintenant plus propre
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents: 287
diff changeset
161 optimizer.reload_parameters(PATH+'params_pretrain.txt')
328
c61b72d07676 Rajout de la capacite de faire decroitre le taux d'apprentissage si demande
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents: 320
diff changeset
162 optimizer.finetune(datasets.nist_P07(),datasets.nist_all(),max_finetune_epoch_P07,ind_test=0,decrease=decrease_lr)
287
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
163 channel.save()
320
71ffe2c9bfad finetune NIST+P07 change pour P07+NIST, les experiences n'ont pas ete concluentes
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents: 317
diff changeset
164 print('\n\n\tfinetune with P07 (done earlier) followed by NIST (written here)\n\n')
287
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
165 sys.stdout.flush()
320
71ffe2c9bfad finetune NIST+P07 change pour P07+NIST, les experiences n'ont pas ete concluentes
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents: 317
diff changeset
166 optimizer.reload_parameters('params_finetune_P07.txt')
328
c61b72d07676 Rajout de la capacite de faire decroitre le taux d'apprentissage si demande
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents: 320
diff changeset
167 optimizer.finetune(datasets.nist_all(),datasets.nist_P07(),max_finetune_epoch_NIST,ind_test=21,decrease=decrease_lr)
287
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
168 channel.save()
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
169 print('\n\n\tfinetune with NIST only on the logistic regression on top.\n\
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
170 All hidden units output are input of the logistic regression\n\n')
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
171 sys.stdout.flush()
306
a78dbbc61f37 Meilleure souplesse d'execution, un parametre hard-coade est maintenant plus propre
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents: 287
diff changeset
172 optimizer.reload_parameters(PATH+'params_pretrain.txt')
328
c61b72d07676 Rajout de la capacite de faire decroitre le taux d'apprentissage si demande
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents: 320
diff changeset
173 optimizer.finetune(datasets.nist_all(),datasets.nist_P07(),max_finetune_epoch_NIST,ind_test=1,special=1,decrease=decrease_lr)
287
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
174 channel.save()
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
175
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
176 channel.save()
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
177
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
178 return channel.COMPLETE
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
179
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
180 # These Series objects are used to save various statistics
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
181 # during the training.
317
067e747fd9c0 Ajout de noms differents pour les series produites pour differents choix de pretrain
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents: 316
diff changeset
182 def create_series(num_hidden_layers, nom_serie):
287
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
183
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
184 # Replace series we don't want to save with DummySeries, e.g.
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
185 # series['training_error'] = DummySeries()
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
186
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
187 series = {}
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
188
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
189 basedir = os.getcwd()
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
190
317
067e747fd9c0 Ajout de noms differents pour les series produites pour differents choix de pretrain
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents: 316
diff changeset
191 h5f = tables.openFile(os.path.join(basedir, nom_serie), "w")
287
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
192
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
193 # reconstruction
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
194 reconstruction_base = \
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
195 ErrorSeries(error_name="reconstruction_error",
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
196 table_name="reconstruction_error",
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
197 hdf5_file=h5f,
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
198 index_names=('epoch','minibatch'),
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
199 title="Reconstruction error (mean over "+str(REDUCE_EVERY)+" minibatches)")
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
200 series['reconstruction_error'] = \
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
201 AccumulatorSeriesWrapper(base_series=reconstruction_base,
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
202 reduce_every=REDUCE_EVERY)
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
203
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
204 # train
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
205 training_base = \
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
206 ErrorSeries(error_name="training_error",
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
207 table_name="training_error",
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
208 hdf5_file=h5f,
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SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
209 index_names=('epoch','minibatch'),
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SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
210 title="Training error (mean over "+str(REDUCE_EVERY)+" minibatches)")
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SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
211 series['training_error'] = \
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SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
212 AccumulatorSeriesWrapper(base_series=training_base,
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SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
213 reduce_every=REDUCE_EVERY)
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parents:
diff changeset
214
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
215 # valid and test are not accumulated/mean, saved directly
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SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
216 series['validation_error'] = \
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SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
217 ErrorSeries(error_name="validation_error",
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SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
218 table_name="validation_error",
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SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
219 hdf5_file=h5f,
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
220 index_names=('epoch','minibatch'))
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
221
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
222 series['test_error'] = \
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
223 ErrorSeries(error_name="test_error",
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
224 table_name="test_error",
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
225 hdf5_file=h5f,
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
226 index_names=('epoch','minibatch'))
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
227
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
228 param_names = []
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SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
229 for i in range(num_hidden_layers):
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
230 param_names += ['layer%d_W'%i, 'layer%d_b'%i, 'layer%d_bprime'%i]
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
231 param_names += ['logreg_layer_W', 'logreg_layer_b']
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
232
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
233 # comment out series we don't want to save
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
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234 series['params'] = SharedParamsStatisticsWrapper(
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parents:
diff changeset
235 new_group_name="params",
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
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parents:
diff changeset
236 base_group="/",
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parents:
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237 arrays_names=param_names,
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parents:
diff changeset
238 hdf5_file=h5f,
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
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parents:
diff changeset
239 index_names=('epoch',))
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
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parents:
diff changeset
240
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
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parents:
diff changeset
241 return series
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
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parents:
diff changeset
242
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
243 # Perform insertion into the Postgre DB based on combination
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
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parents:
diff changeset
244 # of hyperparameter values above
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
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parents:
diff changeset
245 # (see comment for produit_cartesien_jobs() to know how it works)
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parents:
diff changeset
246 def jobman_insert_nist():
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parents:
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247 jobs = produit_cartesien_jobs(JOB_VALS)
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parents:
diff changeset
248
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parents:
diff changeset
249 db = jobman.sql.db(JOBDB)
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parents:
diff changeset
250 for job in jobs:
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parents:
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251 job.update({jobman.sql.EXPERIMENT: EXPERIMENT_PATH})
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parents:
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252 jobman.sql.insert_dict(job, db)
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parents:
diff changeset
253
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parents:
diff changeset
254 print "inserted"
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parents:
diff changeset
255
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parents:
diff changeset
256 if __name__ == '__main__':
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parents:
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257
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parents:
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258 args = sys.argv[1:]
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parents:
diff changeset
259
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parents:
diff changeset
260 #if len(args) > 0 and args[0] == 'load_nist':
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parents:
diff changeset
261 # test_load_nist()
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parents:
diff changeset
262
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
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parents:
diff changeset
263 if len(args) > 0 and args[0] == 'jobman_insert':
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
SylvainPL <sylvain.pannetier.lebeuf@umontreal.ca>
parents:
diff changeset
264 jobman_insert_nist()
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parents:
diff changeset
265
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
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parents:
diff changeset
266 elif len(args) > 0 and args[0] == 'test_jobman_entrypoint':
f9b93ae45723 Programme pour reprendre une partie des experiences seulement. Utile seulement pour un usage tres specifique
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parents:
diff changeset
267 chanmock = DD({'COMPLETE':0,'save':(lambda:None)})
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268 jobman_entrypoint(DD(DEFAULT_HP_NIST), chanmock)
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diff changeset
269
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270 else:
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271 print "Bad arguments"
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